自分があまりにもアホすぎて１時間ぐらい格闘する羽目になったので戒めに書いておく。
まずDemulを立ち上げてConfigからMaple Device Managerを開く。
それからPORT Aの適当なタブをVMSに設定して、Editからセーブに使うVMS.binファイルを指定すればOK。
有志の情報ではWinCEのゲームだとVMを認識しないバグがあるようなので、memsavesフォルダ内のvms00.binのアドレス 1FE506 を 80→00に変更すると動くようになる。
ただしドリキャスのメモリーカード初期化でアイコンをデフォルト以外にしないこと……。だそう。
とりあえず自分はこれでメモリーカードが使えるようになりました。